Le département de l'Ain est créé en 1790. Le 17 février 1800, l'arondissement de Gex est cédé au nouveau département du Léman qui englobe Genève. En 1815, le traité de Vienne supprime le département du Léman, Genève redeviens Suisse et l'arondissement de Gex reviens dans l'Ain toutefois amputé de plusieurs communes de bordure du Léman et proches de Genève. En 1967 six communes sont rattachées au département du Rhône : Rillieux, Crépieux-la-Pape, Genay, Montanay, Sathonay-Village et Sathonay-Camp.

On peut remonter à 15000 ans avant notre ère pour trouver les premières traces d'une présence humaine en Bresse et dans les Dombes.
Les hommes de cette époque vivaient à une époque post glaciaire, le grand glacier du Rhône venait de libérer cette région de son emprise. Les galets gravés de figures d'animaux de la Colombière, sont des témoins des époques suivantes, ainsi que des lieux comme le menhir de Simandre-sur-Suran.

Au temps des Gaules, ce sont cinq peuples qui se partagent la région : les Allobroges, les Ambarres, les Eduens, les Ségusiaves et les Séquanes. Puis arrivent les Romains et la région deviens partie de la grande Séquanaise. C'est de cette époque que datent les premières voies de communication, voies romaines reliant Lyon à Genève, Genève à Besancon. On en retrouve des portions vers Gex, Montluel, Belley, Cazey sur Ain. Subsistent également des éléments d'acqueduc à Vieu et Grosley ou par ailleurs les vestiges de temple d'Izernore.

C'est vers l'an 450 que l'empire romain tombe sous la pression des invasions barbares et que la région se trouve sous la domination Burgonde, puis le royaume Franc.

Vers le VIème siècle, le christianisme commence à se diffiser dans la région. Les abbaye Bénédictines commencent leur ère d'influence, le diocèse de Belley est créé.

Le Xème siècle voit l'arrivée des châteaux féodaux et le règne des seigneuries et des premiers grands fiefs comme ceux de Bâgé ou de Coligny.
Du XIème au XVème siècle, le territoire passera progressivement sous la tutelle des comtes de Savoie. Après la mort de Marguerite d'Autriche, François 1er revendique la Savoie et la fait sienne en 1536. Elle sera donc française jusqu'en 1559. Ce sera Henri IV qui va reconquèrir les pays de l'Ain et le 17 janvier 1601 ils seront rattachés au duché de Bourgogne. Seule la vallée de la Valserine restera à la Savoie qui reviendra à la France en 1760, par le traité de Turin.

Lors de la création du département, celui-ci reprendra naturellement l'espace des pays de l'Ain.

Le XIXèe siècle verra l'implantation des lignes de chemin de fer Paris Rome, Lyon Genève, Lyon Strasbourg. L'agriculture se transforme avec les nouvelles techniques agricoles, l'élevage se développe et donnent lieu à la création de nombreuses fromageries.

L'ain paye un tribut important lors de la dernière guerre et la résistance y est importante principalement dans le Cerdon où un monument est érigé à la mémoire des maquisarts tombés pour la France. Il y a également le musée de la résistance à Nantua et le monument à la mémoire des enfant d'Isieu. La ville de Dortan a connu des heures terribles, semblables à celles d'Oradour sur Glanes.